Der Ursprung dieses herrlichen, zwischen 1387 und 1525 komplett mit roten Backsteinen realisierten Eingriffs des Menschen in eine unbezähmte Natur geht auf den Adligen Bernardo Tolomei von Siena zurück. Alle Räume sind rund um drei Kreuzgänge angeordnet; die Wände des großen Kreuzgangs sind mit 36 Fresken geschmückt, die das Leben des heiligen Benedikt von Norcia darstellen. Die Fresken an der ersten Wand malte Luca Signorelli (1495-98), die anderen der exzentrische Sodoma (1504-08). Aufgrund der bekannten, bis heute bestehenden Kräuterapotheke war die Abtei einer der wichtigsten Zielorte der Pilger entlang der Via Francigena.
